Ответ на ваш вопрос есть в мануале: "Внешняя таблица может быть использована в запросах как самая обычная таблица, но внешняя таблица не хранится сервером PostgreSQL. Таким образом, когда она используется, PostgreSQL запрашивает обработчик внешних данных, чтобы получить данные из внешнего источника."

Т.е. так как PostgreSQL сами данные не хранит, то не хранит и индексы. Если внешняя библиотека или wrapper позволяет использовать индексы, то он будет их использовать, не более того.